Com sede no Instituto de História da Universidade Federal do Rio de Janeiro, o ProfHistória é concebido em rede nacional com polos na região Norte, Sul e Sudeste do país. As instituições associadas apresentam infraestrutura adequada para desenvolver o mestrado profissional. O próprio Instituto de História dispõe dos laboratórios de História Antiga (LHIA), do Programa de Estudos Americanos (PEA), do Laboratório de Estudos da África (LEÁFRICA) e do Núcleo de Pesquisas e Estudos Históricos (NPEH). Na Faculdade de Educação, há o Núcleo de Estudos Curriculares (NEC). Todos são equipados com computadores ligados à rede, recursos multimídia (datashow, notebook, tablet, filmadora, máquina fotográfica etc.) e acervo bibliográfico e videoteca, mais específicos das suas áreas de especialização.